En el año 1923 el abad don Julio Pérez Llamazares concluyó la clasificación y ordenación de los 155 códices y 809 documentos en pergamino publicándose un catálogo de estos al que seguiría en 1943 otro catálogo relativo a los incunables y libros raros y curiosos de la Real Colegiata de San Isidoro. Consideramos este momento como el nacimiento del archivo pues estas clasificaciones se realizaron ya al amparo de los nuevos métodos archivísticos.
Posteriormente ya en 2010, el abad Antonio Viñayo González miembro de la Real Academia de la Historia realizó a su vez un índice del archivo capitular al que han seguido diversos trabajos de digitalización parcial de la documentación y los manuscritos.
El archivo se encuentra abierto a investigadores y parte de sus fondos pueden ser consultados previa cita a concertar en el siguiente correo: reservas@museosanisidoro.com